Novovjekovna zbirka osnovana je 2010. godine. Arheološki muzej Istre, prepoznavši važnost materijalne građe koja upotpunjava sliku određenog povijesnog razdoblja te pruža korisna svjedočanstva o gospodarskom, političkom, ekonomskom, kulturološkom stanju nekadašnjeg stanovništva, postao je prvi među arheološkim muzejima u Hrvatskoj čiju je sastavnicu činila Novovjekovna zbirka.
U ovoj se zbirci nalaze raznovrsni predmeti izrađeni od keramike, stakla, metala, kosti i kamena, svjetovnog i sakralnog karaktera, kao što su stolno i kuhinjsko posuđe, pribor za jelo, pećnjaci, predmeti za svakodnevne aktivnosti u kućanstvu, igru, zabavu i dokolicu, ukrasno-uporabni predmeti, grbovi, dijelovi arhitekture, skulpture i granično kamenje, devocionalije, zvona i top. Većina predmeta pronađena je tijekom arheoloških istraživanja na području Istre (Pula, Dvigrad, Vodnjan, Motovun i dr.) dok je manji dio zbirke sačinjen od slučajnih nalaza poklonjenih muzeju (Rašpor). Nalazi se čuvaju i izloženi su u Arheološkom muzeju Istre, samostanu sv. Franje u Puli ili su posuđeni drugim institucijama za potrebe raznih postava. Ovi nalazi predstavljaju nepobitne dokaze kontinuiteta života na prostoru Istre te obogaćuju naše razumijevanje prošlih razdoblja.
Iz bogatog fundusa ove zbirke posebno se ističe glazirano stolno posuđe koje potječe iz radioničkih centara sjeverne Italije i Španjolske. Među značajnijom građom su i dvije skulpture iz skupine Navještenja - rad škole Pietra Lombarda, venecijanska skulptura sv. Ivana Krstitelja, svetačke medaljice s poznatih europskih hodočasničkih destinacija, poput Loreta, Padove, Marije Zell, Trsata i Bistrice te zvona majstora Bela, Vivencija i Salvatora.