Od osnivanja Arheološkog muzeja Istre djelatnici su posvećivali pažnju dokumentiranju tijeka i rezultata arheoloških istraživanja, muzejskih predmeta i postupaka njihove obrade, stanju spomenika i spomeničkih cjelina te evidentiranju ostalih aktivnosti muzeja, poput izložbene i izdavačke djelatnosti.
U Odsjeku za dokumentaciju sustavno se izrađuje, prikuplja, organizira i vodi dokumentacija o muzejskoj građi i muzejskoj djelatnosti. Inventiraju se i digitaliziraju dvije zbirke, Zbirka grafika i Zbirka razglednica, te fondovi sekundarne dokumentacije: Dijateka, Dokumentacija o osnivanju i povijesti muzeja, Dokumentacijski crteži, Dokumenti, Fototeka, Knjiga negativa, Medijateka, Evidencija izložbi, Evidencija o izdavačkoj djelatnosti, Evidencija terenskih izvještaja, Evidencija o stručnom i znanstvenom radu, Evidencija događanja, Planoteka i Stručna arhiva.
Podmorsko istraživanje rimskog nalazišta amfora kod otoka Sv. Jerolim, Fažana
Dokumentacijski fondovi se od 2006. godine digitaliziraju, čime je pojednostavljeno njihovo korištenje. Bogatu muzejsku dokumentaciju prije svega koriste stručni djelatnici same ustanove, kako za potrebe stručne i znanstvene obrade određenih tema, tako i za potrebe prezentacije ili pripreme tekstova za njihovo publiciranje. Fundus sekundarne dokumentacije dostupan je i vanjskim korisnicima.
