Zbirka podvodne arheologije Arheološkog muzeja Istre osnovana je 2015. godine s ciljem istraživanja, zaštite i valorizacije podmorskih arheoloških nalazišta na prostoru Istre.
Povijest prvih podmorskih istraživanja u Istri seže u 1963. Godinu, kada su na inicijativu arheologa Štefana Mlakara, kustosa Arheološkog muzeja Istre, kod rta Savudrija istraživani ostaci brodoloma s teretom amfora vinarija iz 1. stoljeća pr. Kr.
Rimska uljanica iz 1. stoljeća, lokalitet rimskog mula u Pomeru.
Razvojem autonomnog ronjenja, od sredine šezdesetih godina uz Mlakara se okupljaju vojni i civilni ronioci koji sudjeluju u organiziranim pretraživanjima istarskog podmorja. Iako sam Mlakar nije bio ronilac, bio je zadužen za provedbu podmorskih pretraživanja u svrhu prikupljanja arheoloških nalaza i podataka o podmorskim nalazištima Istre. Ta su pretraživanja provođena do sredine sedamdesetih godina nakon čega će uslijediti duža pauza.
Istraživanje mula rimske luke u Savudriji, 1. stoljeće.
Muzej se ponovno aktivno uključuje 2007. Godine, kada provodi zaštitna istraživanja potopljene rimske vile kod Pomera. Godine 2011. započinje višegodišnju međunarodnu suradnju sa sveučilištima u Salentu i Trstu na istraživanju rimske luke u Savudriji, jedne od najvažnijih luka za područje sjevernog Jadrana. Također provodi i istraživanja prapovijesnih nalazišta u uvali Zambratija, sojenica iz eneolitika u čija se istraživanja 2023. uključuje i sveučilište u Bernu te brončanodobnog šivanog broda koji predstavlja najstarije plovilo rađeno tehnikom šivanja na Mediteranu. Dugogodišnja suradnja s francuskim centrom Camille Jullian rezultirala je kako istraživanjem, tako i vađenjem broda u Zambratiji, a prije toga i dvaju rimskih šivanih brodova u Puli. Pronalazak antičkih šivanih brodova svjedoči o visoko razvijenom tehnološkom stupnju brodogradnje na istarskom prostoru, a samim time i važnosti pomorstva, koje upućuje na značaj plovidbe uz obalu sjevernog Jadrana.
Istraživanje prapovijesnog broda iz 12. – 10. st. pr. Kr., Zambratija (Umag)
Analiza prapovijesnog šivanog broda iz Zambratije.
Muzej sustavno provodi i istraživanja rimske solane u uvali Bijeca kod Medulina, zasad jedine potvrđene u istarskom priobalju, kao i radove na brojnim drugim podmorskim lokalitetima.
Istraživanje kasnoantičkog broda u Debeljaku (Kamenjak)
Uspješna suradnja s klubovima i udrugama Ronilačkog saveza Istarske županije doprinosi istraživanjima te očuvanju i promicanju podmorske arheološke baštine.
Arhitektura iz rimskog razdoblja, 1. st. pr. Kr. - 1. st., Bijeca (Medulin)