Arheološki muzej Istre, sa svojom bogatom poviješću, prepoznat je i po svojoj specijalnoj knjižnici, koja kontinuirano djeluje kao dragocjen izvor znanja za istraživače, studente i građanstvo. Povijest knjižnice započinje 1902. godine, kada je utemeljen Gradski muzej u Puli, a već iduće godine otvorena je i Gradska knjižnica. S vremenom, objedinjavanjem fondova različitih knjižnica i institucija, godine 1930. formirana je Pokrajinska knjižnica, čiji je fond u poslijeratnim godinama značajno osiromašen. Godine 1950. knjižnica je prešla pod upravu tadašnje Naučne biblioteke, a njezin je novi prostor osiguran 1967. godine.
Ponovnim otvaranjem muzeja 1947. godine započelo je stvaranje specijalne muzejske knjižnice. Prvotno je građa prikupljana otkupom i donacijama, a važan preokret donio je početak izdavačke djelatnosti muzeja. Prva izdanja omogućila su razmjenu publikacija s brojnim institucijama diljem svijeta, čime je knjižnica postala ključni čuvar i promicatelj arheoloških i povijesnih istraživanja. Danas knjižnica surađuje s više od 300 domaćih i međunarodnih adresa, omogućujući razmjenu znanstvenih i stručnih informacija.
Knjižnica čuva više od 50.000 jedinica građe, uključujući monografije i serijske publikacije iz područja arheologije, povijesti umjetnosti, etnologije, muzeologije i drugih srodnih znanosti. Posebno se ističe zbirka stare građe s 87 jedinica nastalih do 1850. godine te dvije zaklade, „Dr. Branko Marušić“ i zaklada prof. Štefana Mlakara, koje obogaćuju knjižnični fundus značajnim znanstvenim radovima i vrijednim djelima. Knjige su smještene u pomične ormare i otvorene police, dok je najvrjednija građa zaštićena u sefu.
